项目简介

DAP-seq（DNA Affinity Purification sequencing）是一种通过体外重 组转录因子与基因组 DNA 文库结合，结合高通量测序鉴定转录因子结 合位点的技术。其原理是将目标转录因子（通常带有亲和标签，如 His 或 GST 标签）在体外表达纯化后，与片段化的基因组 DNA 文库孵育， 利用亲和层析捕获转录因子 -DNA 复合物，并对结合的 DNA 片段进行 测序，从而在全基因组范围内定位转录因子的特异性结合位点及富集 的 DNA 基序。该技术无需依赖抗体或体内条件，适用于缺乏高质量抗 体的物种（如植物），广泛应用于解析植物逆境响应（如干旱、盐胁迫）、 生长发育调控（如开花、根系发育）中的转录因子网络，以及作物遗 传改良中关键调控元件的挖掘。

送样要求

部分结果展示

研究案例

      果实成熟伴随着颜色、质地和风味的显著变化，并且由转录因子（TFs） 和表观遗传因素调控。然而，详细的调控机制仍然不清楚。基因表达 模式表明，PpNAC1（NAM/ATAF1/2/CUC）转录因子在桃子（Prunus  persica）果实成熟中扮演主要角色。DNA 亲和纯化 DAP-seq 结合转 录激活测试表明，PpNAC1 可以直接激活多个与成熟相关的基因表达， 包括参与乙烯生物合成的 ACC 合成酶 1（PpACS1）和 ACC 氧化酶 1 （PpACO1）、与细胞壁修饰相关的果胶酯酶 1（PpPME1）、果胶酸 酶 1（PpPL1）和多聚半乳糖醛酸酶 1（PpPG1），以及参与挥发性物 质合成的脂肪酶 1（PpLIP1）、脂肪酸去饱和酶（PpFAD3-1）和醇酰 基转移酶 1（PpAAT1）。PpNAC1 在番茄（Solanum lycopersicum） nor（不熟）突变体中的过表达恢复了果实成熟，其在桃子果实中的瞬 时过表达诱导了目标基因表达，支持 PpNAC1 在果实成熟中的积极作 用。PpNAC1 及其目标基因的转录水平增强与它们启动子 mCG 甲基化 水平的降低相关。

      DNA 甲基化的下降与 DNA 去甲基化酶 1（PpDML1） 的转录增加负相关，其启动子被 PpNAC1 识别并激活。研究者提出， PpNAC1 启动子区域的甲基化减少导致随后的 DNA 甲基化水平降低和 与成熟相关的基因转录增强。这些结果表明，PpNAC1 和 PpDML1 之 间的正反馈在直接调控多个桃子成熟和品质形成所需的基因表达中发 挥重要作用。

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